Хубсугул расположен в северной Монголии на высоте 1645 м над уровнем моря, и 1118 м над уровнем Байкала ( наиболее низкая часть дна Хубсугула лежит выше уровня Байкала на 1021 м). Выходит из озера одна река — Эгийн-Гол, находящаяся в самой южной его части и являющаяся одним из притоков р. Селенги, через которую оз. Хубсугул связано с Байкалом. Хубсугул имеет наибольшую длину 136 км, наибольшую ширину - 39 км (средняя ширина 20,3 км). Длина береговой линии 414 км, площадь водной поверхности 2760 км кв., площадь водосборного бассейна 5130 км кв. Максимальная глубина 244 м. Хубсугул занимает 14 место среди озер мира по объему пресной воды, в нем сосредоточено 317,5 км куб. воды или 1% от мирового запаса.
"Красивее Хубсугула нет озера в стране монголов. Капризное, большое, многоводное, оно воспевается в песнях, как море необозримое, обширное, могущественное. Монголы называют его почтительно -Хубсугул-Далай. Дикая и суровая красота озера, высокие горы, окружающие его, величественная глухая тайга поражают путешественника, попавшего в этот далекий край. Стройные лиственницы спускаются к самому берегу озера. В бухтах прячутся золотые песчаные пляжи…"
Родным "братом" Байкала называют расположенное в Монголии озеро Хубсугул, вытянутое в виде серпа на 130 километров. Хубсугульская и Байкальская впадины входят в Байкальскую рифтовую зону. Хубсугульская и Байкальская впадины - это неотъемлемые части Байкальской рифтовой зоны.
В Хубсугул впадает около 70 рек ( в Байкал – 336), а вытекает как и из Байкала тоже единственная – Эгийн. . Хубсугул через реки Эгингол и Селенгу связан с Байкалом. Хубсугул в 12 раз по площади, почти в 5 раз по длине и в 7 раз по глубине меньше Байкала. Байкал содержит 20 %, а Хубсугул – 1 % мировых запасов пресных вод.